追溯歷史，流式細胞儀走過了42年的發展歷程(1973-2015)，在這四十多年的發展歷程中，流式細胞儀器在結構上發生了一系列的演變：由簡單到復雜、由單激光到多激光、由單色到多色、由分析到分選、由空氣激發到石英杯激發、由標配型到特殊定制型等。總體來說，流式細胞儀的硬件發展遠超科研發展需要，但應用技術相對滯后。
在第八屆中國生命科學公共平臺管理與發展研討會的流式細胞儀技術論壇上，北京大學醫學部分析儀器中心細胞室吳后男主任不僅介紹了流式細胞儀的發展歷程，還指出了未來的發展趨勢。據其介紹，未來流式細胞儀趨向于多色標記、多參數、更精細、微觀指標觀察、稀有細胞或多功能特性細胞的研究，向高難度、挑戰性技術邁進。
不過，傳統的流式技術主要基于對熒光發射光譜的檢測，但熒光基團發射光譜一般比較寬，其間往往會發生重疊。不僅限制了檢測通道的數量(<20個)，還會帶來嚴重的串色問題，很多通道的信號需要復雜的補償計算。
為了解決這些問題，最新的質譜流式細胞術(CyTOF)應運而生。據萬瑛介紹，傳統的流式技術主要使用各種熒光基團作為抗體的標簽，使用激光器和光電倍增管作為檢測手段，而CyTOF用金屬元素偶聯抗體作為標記手段，以ICP質譜為檢測手段，通過這些改進，質譜流式技術巧妙的實現了更多參數的檢測。總體來說，CyTOF具有很多優勢：通道多，通道數>110個，檢測范圍88-210Da;無漏光，通道間相互影響小于0.3%，無需計算補償;背景低，標記元素在細胞內含量極低(<1原子/細胞)等。不過，目前國內的CyTOF產品還比較少。
最近的諾貝爾醫學獎給了兩位干細胞研究者，John Gurdon和Shinya Yamanaka，以獎勵他們在干細胞研究和體細胞重編程領域的卓越貢獻，而流式細胞術天生就是在臨床和研究領域分析、鑒定和分離干細胞和祖細胞的理想工具。近20年來，隨著流式細胞儀及其檢測技術的日臻完善，樣品制備、細胞標記、軟件開發等方面不斷獲得新突破，使得流式細胞儀已廣泛應用于免疫學、生物化學、生物學、腫瘤學以及血液學等方面的研究和臨床常規工作，成為細胞分選，細胞周期分析，DNA倍體測定，免疫活性細胞分型純化，血細胞分型分類，藥物在細胞中的分布，細胞凋亡等工作中重要的研究工具。
從儀器類型上來說，目前市面上銷售的主要是兩種流式細胞儀，一種是分析式流式細胞儀，細胞樣本經這種儀器分析后最終進入廢液桶，不能回收利用;另一種是分選型流式細胞儀，它既能進行流式分析，還能對分析的目的細胞進行分選。總體來說，市場上分析型的產品多于分選型。
相關調研報告預計，2012年全球流式細胞儀的市場為30億美元，預計2020年市場規模將達到65億美元，2012到2020年間復合年增長率為30.9%。而據相關網站預計，2016年我國流式細胞儀發展規模將達到7.1億元，市場主要被BD和Beckman兩家企業占領。
